Apliqué todo a UTF-8 Y seguía saliendo igual, puede corregir el problema usando la función htmlentities(); para pasar los acentos y carácteres especiales a sus códigos correspondientes. quedó de esta forma
Código PHP:
<?php
$empres ="México DF.";
$empresa = htmlentities($empres);
header("Content-type: text/html; encoding: UTF-8");
iconv_set_encoding('internal_encoding', 'utf-8');
// si hago un echo ya salen correctamente los acentos por el htmlentities();
echo "$empresa";?>
el output es
México DF. lo cual ya queda bien
Gracias de todas formas por su ayuda!!!
Creo que el tema resulto siendo php.