Por mucho que cambien los contenidos de tus frames, el frameset sigue siendo el mismo, así que no veo dónde está el problema.
De todas formas si lo que sucede es que también se cambia en algún momento el frameset, entonces puedes hacer lo que te han sugerido. Cargar tu sitio de frames en otra página de un solo frame. Si en algún momento pinchas en un enlace que te cambia el frameset lo que debes hacer entonces es cambiarle el target de
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