Los archivos PDF los podés subir al sitio con el FTP, en cualquier carpeta, por ejemplo
archivos_pdf y en tu sitio solo le ponés un enlace al archivo, así:
Código HTML:
<a href="http://www.tuweb.com/archivos_pdf/archivo1.pdf>Archivo No. 1</a>
Si el visitante tiene instalado el acrobat podrá verlo en el navegador o le pued dar click derecho y luego "Guardar como..." o algo parecido, según el navegador que use.