Disculpa pero si yo tuviera problemas de permisos en un servidor no colocaría los nombres de los dominios hospedado en el en ningún foro.
Me parece muy bien que deseen aprender a administrar un servidor, eso deberíamos aprenderlo a hacer todos. Yo pienso que lo primero que haría sería contratar una empresa que configurar correctamente el servidor y la seguridad del mismo, así estoy más tranquilo y con mayor confianza podré colocar mis bases de datos y archivos en ese servidor. Puedes encontrar empresas que hacen este tipo de configuraciones desde 25 dólares.
Aquí te dejo una guía que empezó nuestro amigo Datacenter1 que puede ayudarte a comprender un poco acerca de la administración de servidores
http://www.forosdelweb.com/f92/harde...idores-844413/