no lee javascript, ni poniendo lo abajo, porque??porque se ponen antes </body>

[Facundo_Nahuel]

Como dijo David en un principio, no funcionará en el HEAD porque busca elementos que todavía no se crearon.

Para solucionarlo debes meter todo tu código javascript dentro de $(function(){tu código}) o $(document).ready(function(){tu código})


Quedaría así

Código:

$(function(){
jQuery.noConflict();
           
                    Cufon.replace('h1, h2, h3, h4, h5, h6,.comment-author')('h2.gallery-title,.wp-pagenavi,h3#comments',{textShadow:'1px 1px 0px #fff'})('#main-leftarea a',{textShadow:'2px 2px 3px rgba(0, 0, 0, 0.4)', hover: { color: '#ded28e' }});
             
        jQuery("a[class^='fancybox']").fancybox({
            'overlayOpacity'    :   0.7,
            'overlayColor'      :   '#000000',
            'zoomSpeedIn'       :   500,
            'zoomSpeedOut'      :   500
        }); 
        
        var $rightArea = jQuery('#main-rightarea'),
            rightAreaHeight = $rightArea.height(),
            leftAreaParts = '#main-leftarea, #main-leftarea #right-border',
            $galleryThumb = jQuery('.gallery-area .thumb'),
            $menuLink = jQuery('ul#main-menu li a'),
            menuTopPos = jQuery('#main-leftarea #menu').position().top;
        
        jQuery('span.magnify').css('opacity','0');
        
        if ( rightAreaHeight > 1024 ) jQuery(leftAreaParts).css('height',rightAreaHeight);
 
        $galleryThumb.hover(function(){
            jQuery(this).stop(true, true).animate({top: 6, paddingBottom: 0}, 400).find('span.magnify').stop(true, true).animate({opacity: 1}, 400).end().find('img').stop(true, true).animate({opacity: 0.7}, 400);
        }, function(){
            jQuery(this).stop(true, true).animate({top: 0, paddingBottom: 13}, 400).find('span.magnify').stop(true, true).animate({opacity: 0}, 400).end().find('img').stop(true, true).animate({opacity: 1}, 400);
        });
        
        var windowHash = window.location.hash;
        
        if (windowHash) {
            var activeLink = windowHash.substring(1),
                $targetLink = $menuLink.parent().find('a[href$=#'+activeLink+']');
            
            $menuLink.removeClass('active');
            
            $targetLink.addClass('active');
            
            jQuery('span#active-arrow').css('top',($targetLink.position().top+menuTopPos-3));
        }
        
        var isHome = true;
        
        if (!isHome) {
            $targetLink = $menuLink.parent().find('a').filter(':last');
            $menuLink.removeClass('active');
            $targetLink.addClass('active');
            jQuery('span#active-arrow').css('top',($targetLink.position().top+menuTopPos-6));
        }
        
        $menuLink.click(function(event){
            if (location.pathname.replace(/^\//,'') == this.pathname.replace(/^\//,'') && location.hostname == this.hostname) {
                if (jQuery(this).hasClass('external')) return;
                event.preventDefault();
                if (jQuery(this).hasClass('active')) return false;
                if (jQuery("html:animated").length) return false;
                
                $menuLink.parent().find('a').removeClass('active');
                jQuery(this).addClass('active');
                
                var activePos = jQuery(this).parent().position().top,
                    linkId = this.hash.substring(1);
                
                jQuery('span#active-arrow').animate({top: (activePos + menuTopPos)},500);
                
                jQuery.scrollTo( '#'+linkId, { duration:500, onAfter:function(){
                        window.location.hash = '#'+linkId;
                    }
                }); 
            }
        }).hover(function(){
            jQuery(this).stop().animate({left: '-10px'},200);
        }, function(){
            jQuery(this).stop().animate({left: '0px'},200)
        });
        
        window.setInterval( function() {Cufon.refresh('#main-leftarea a');}, 100 );
    
                    Cufon.now();
 )