es sencillo de explicar...
 
se supone que el 
name de todos los controles de un formulario deben ser únicos, supongo que lo estas haciendo todo a través de un bucle... y por ende, estas usando el mismo 
name para todos!! 
para manejar este tipo de problemas debes hacer uso de la nomenclatura de array: 
 Código HTML:
 <select name="foo[99]"/> 
 imaginemos que la acción sería 
foo y el ID a afectar es 
99, solo debes saber trabajar con arrays y solucionado!!