Haaaa, Cluster, parece que el problema esta con array bidimensionales.
Código PHP:
$matriz[0]["buenos"] = "valor1";
$matriz[1]["dias"] = "valor2";
$matriz[2]["a"] = "valor3";
$matriz[3]["todos"] = "valor4";
echo "<br>\n".count($matriz);
unset($matriz[1]["dias"]);
echo "<br>\n".count($matriz);
Aca si, al hacer un count despues del unset el valor es el mismo.
saludos