Confuso el planteo, aparentemente tu hosting te ha dado un subdominio, apuntando a una subcarpeta de tu host principal.
Basicamente deberias usar el robots.txt (que al parecer lo has hecho) para hacer evitar el indexado de la carpeta
/YYY
Con las Herramientas para Webmaster de Google, rastrear los dos dominios en forma independiente uno del otro, crear los correspondientes
sitemaps y por las dudas, y sobre todo en
www.yyy.es usar en todos tus vínculos urls absolutas (que incluyan el
http://www.yyy.es/....)
igual habría que analizar eso del "plan de correo, que tiene redireccionamiento", a ver como esta hecho.
Lo importante en estos casos es no usar ninguna herramienta de Google hasta no tener todo preparado en el servidor, porque si indexaste
www.xxx.es antes de hacerlo, probablemente los archivos de
www.yyy.es hayan sido indexados, y deberas esperar a que Google vuelva a hacer su trabajo y elimine cualquier url cacheada
Saludos