Si tienes acceso a las funciones exec(), system() o passthru() puedes hacerlo sin problemas.
Simplemente usa las órdenes que usarías desde una ventana terminal (Linux, DOS...) dentro de exec().
ejemplo ficticio:
Código PHP:
<?
exec("c:/dos/pkunzip.exe archivo.zip c:/temporal/");
exec("del c:/temporal/maldito.txt");
exec("c:/dos/pkzip.exe c:/temporal/*.* archivo2.zip");
?>