De que forma se puede hacer temas como este?

[chichote]

Depende en q seccion de la pagina este ese menu, por ejemplo si esta en la barra lateral, lo mas provable es que lo encuentres en sidebar.php, si esta en la zona superior de la web, es muy provable q lo encuentres en el header.php o index.php.

Es posible hacer un tema solo con index.php y style.css, es todo lo que se requiere, el resto de los archivos se utilizan para estructurar la web, generalizarla y dejarla mas intuitiva, como te dice pleter, depende de cada theme.

saludos.