bueno, pasmada no lo creo... pues como no imprimes nada, ¿como sabes lo que se ejecuta o no?
intenta cambiar esto así:
Código PHP:
echo 'Generando salida PDF...<br />';
ob_start();
$pdf->Output();
$archivo = addslashes(ob_get_clean());
$sql = "INSERT INTO archivo (archivo) VALUES ('$archivo')";
echo 'Almacenando en la BD...<br />';
mysql_query ($sql) or die('Error al insertar: ' . mysql_error());
echo 'Finalizado.';