Si tu targeta madre es tecnología AT, esta NUNCA se va a apagar cuando se cierre wintendo. Para que esto ocurra, debes tener la tecnología ATX.
Si estas seguro de que es AT, ya tenes tu respuesta. Pero si esa PC tenía otro Wintendo montado y se apagaba, con esto podrás darte cuenta que tenes una ATX y tu problema de apagado es otro.
En caso de que SI sea una ATX, hay ocasiones de que el hardware no sea tan compatible con Wintendo 2000 y hay que hacer ciertos trucos para obligarla a apagarse.
Si ese es tu caso, revisa estos link:
Power the Computer Off After Shutdown HOW TO Solucione Problemas de Cierre en Windows 2000
Saludos.