Saludos
 
Creando dos variables globales en la seccion de codigo donde creas las ventanas     
Código Javascript
:
Ver original- popup1 = null; 
- popup2 = null; 
-   
- VenPrimera = window.open("Ruta","detWin","width=781px,height=55 0px,location=no, scrollbars=yes, menubar=no, status=no,toolbars=no, resizable=no"); 
- VenSegunda= window.open("Ruta","myWin","width=630px,height=520 px,location=no, scrollbars=yes, menubar=no, status=no,toolbars=no, resizable=no"); 
y luego si realizas las validación      
Código Javascript
:
Ver original- function cerrar_session(mostrar_mensaje) 
- { 
- if(mostrar_mensaje=='1') 
- alert('Por su seguridad, su sesi\u00f3n fue cerrada por inactividad. '); 
- location.href='logout.php'; 
- // Cierro la ventana del comprobante 
- if (popup1!=null ) 
- VenPrimera.close(); 
- // Cierro la ventana del detalle 
- if (popup2!=null) 
- VenSegunda.close(); 
- } 
Des esta forma intentaste?