Raíz del servidor????

[fabiandiaz]

Hola amigos...

Os agradecería que me comentarais acerca del siguiente problema que tengo ahora mismo:

Hemos decidido cambiar de servidor, a uno de mayor espacio y me he encontrado con varios problemas...

Uno de ellos es que las páginas se cargan super-lentas (no sé si es porque aún no han trasladado mi dominio).
El otro... No sé dónde copiar mis archivos desde el disco duro al servidor por medio de FTP... Los pongo en la raíz o puedo hacer las carpetas que quiera ubicando mis páginas con mayor órden?

Gracias por vuestra valiosísima ayuda...