Hola Tronco020,
De hecho se puede acceder a un app, utilizando para ello un Servidor de Aplicaciones. Usar un JavaWebStart es una opción pero otra solucion que te sugiero es que desarrolles tu app (cliente) usando componentes Java Swing. Y para acceder a los datos uses Web Services.
Desde tu sistema cliente accedes a los servicios web que desees, en tu cliente solo se encuentra la parte interfaz, con ello evitas al Navegador. Una contraparte es que en el cliente se debe encontrar instalado el JRE del Java a fin de que los componentes del Swing sea reconocidos.
Bueno cualquier consulta puedes escribir a
[email protected]
Saludos
Manuel