pues es que lo que planteas además de que es absurdo no tiene sentido, y tu lo has dicho... php se ejecuta en el servidor, por lo tanto no debería haber problema de php...
y bueno, también usa el sentido común es obvio que al navegador no cambia los enlaces que están escritos de la misma forma...
muestra los enlaces reales para comprobarlo y aquí vamos haciendo pruebas para descartar tu teoría...
Edito: ¿has intentado escribir los enlaces con rutas absolutas en lugar de relativas?