saber Registros dentro de una tabla A que no existan dentro de la tabla B segunda VER

[Snaft_J1]

hola chalchis, si ponesu na imagen de tu modelo entidad relacion podría ayudarte con la lentitud de tu query, hasta ahora muestro lo que he comprendido de ella y optimizado, solo esta pendiente hacer la segunda exclusion, mira como quedaria hasta ahora y por lo que vi, pienso que no falta mucho.

Código MySQL:

SELECT 
        A.mod10_usr_id,
        A.mod1_mat_id,
        A.mod1_grupos_id,
        U.mod10_usr_usuario,
        U.mod10_usr_nombre,
        U.mod10_usr_apaterno,
        U.mod10_usr_apmaterno,
        M.mod1_mat_grado,
        M.mod1_mat_descReal,
        D.mod10_usr_id
From
         mod1_materias M Inner Join mod1_alumnos_materias A
         On ( M.mod1_mat_id = A.mod1_mat_id ) Inner Join mod10_usuarios U
         On ( U.mod10_usr_id = A.mod10_usr_id ) Inner Join mod1_docentes_materias D
         On ( 
              D.mod1_mat_id    = A.mod1_mat_id And
              D.mod1_grupos_id = A.mod1_grupos_id
            ) 
         /* pENDIENTE DE INFORMACINO PARA COMPLETAR
            Left Join mod1_encuesta_evaluacion_docentes E
         On ( A.mod10_usr_id = E.mod10_usr_id )*/
Where
        ( A.mod1_mat_id In ('49', '854', '135', '405', '95', '149') ) --And
        --- Pendiente de informacion je je je
 

OJO: solo es otra opcion a la planteada anteriormente por gnzsoloyo
Saludos.