Debes crearlos en MySQL (
7.4.5. Cómo utiliza MySQL los índices) en muchos casos no tendras que hacer nada mas que crearlos pero algunas veces se tiene que forzar su uso, o indicarle a mysql que quieres que se use (
USE {INDEX|KEY}). Siempre sera en MySQL o en la sentencia Sql que ejecutas sea con php, directamente o con otro lenguaje.
Quim
(lo siento el primer link solo tiene traducido el titulo y el segundo ni eso)