Es que por un lado el MySQL Administrator es una aplicación obsoleta y discontinuada. Fue reemplazada con el MySQL Workbench.
Por otro lado, el Administrator no posee recursos para hacer lo que pides. Apenas maneja backups y recuperaciones de backup, pero nada más allá.
El tipo de carga masiva de datos que necesitas no se realiza ni siquiera con el MySQL WorkBench, sino con algunas aplicaciones que puedes encontrar en Internet googleando un poco (muy poco), que te permiten importar datos.
Hacerlo desde el MySQL Workbench implica usar el comando LOAD DATA INFILE, pero sólo puede cargar una tabla, no un conjunto de tablas. En todo caso lo que puedes hacer es crear un script con llamadas a los sucesivos archivos para que cargue los datos a las tablas correpondientes. Yo mismo lo he hecho y no genera ningún tipo de problema, la única condición para usar un scriupt es que los archivos de origen de datos tengan el formato correcto y siempre el mismo nombre.
Acá tienes un link donde se trata la importación/exportacion de datos desde SQL:
Curso de MySQL. Capítulo 014