Convierte tus tablas a MyISAM.
Has un script que corra en crontab y que mande a reparar y optimizar tus tablas cuando sea necesario o muchisimo mejor que te notifique para que tu las repares de forma manual.
Mira estos temas:
http://www.linuxsc.net/index.php/the...con-mysqlcheck http://dev.mysql.com/doc/query-browser/es/index.html
MyISAM te ayudara a hacer backup de tus bases de datos copiando y pegando los archivos que estan en el directorio de bases de datos, con innodb suele dar error copiar y pegar la data.
Recuerda siempre hacer optimizacion cuando sea necesario y no hagas delete ni select mientras hallan muchas insersiones en una tabla.
Debes mejorar este tipo de cosas.
Saludos
PD: Siempre hara crash, es algo inevitable (Hasta donde mi conocimiento da!)