no sé cómo lo estarás usando, porque esto me funciona en explorer 6, 7 y 8:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>Documento sin título</title>
</head>
<body>
<form action="" method="get">
<input type="text" name="a[]" /><input type="text" name="a[]" /><input type="text" name="a[]" />
</form>
<form id="form1" name="form1" method="post" action="">
<input type="button" name="button" id="button" value="ver" onclick="alert(document.getElementsByName('a[]').length)" />
</form>
</body>
</html>
En síntesis, no es problema de Explorer sino de tu código.