es correcto, vendria siendo la variable
i que se define en el bucle for, tal como lo tenias antes. de lo contrario no tiene gracia siempre verificar la misma posicion en cada ciclo. por otro lado, no veo el sentido de por que restar uno a
contador en
else. cuando los valores del array no son iguales el contador resta uno produciendo asi un valor impreciso. por ejemplo, imagina que de 10 numeros solo 1 fue introducido en el orden correcto. ¿que valor tendria contador? el mensaje final apareceria como "tienes -9 aciertos". por tanto, la clausula else no deberia incluirla.
@edit,
sobre el tema de la comparacion de los arrays, la logica es la siguiente. asumiendo que ambos arrays tienen la misma longitud, solo tienes que recorrer un array. para determinar que el orden tenga el mismo valor tienes que comparar ambos array indicando los mismo elementos o pocisiones. es decir, cada indice va pareado. para ello, solo tienes que utilizar la misma variable de iteracion en el indice del array.
Código:
var array_a = [true, false, null];
var array_b = [0, 1, 2];
for(var iterator = 0; // iniciacion del iterador ;
iterator < array_a.length; // se lee la longitud de un solo array ;
iterator++ // modificacion del iterador ;
) if(array_a[iterator] == array_b[iterator]); // fijate que se usa la misma variable iterador en ambos array ;