Agrego otra opcion, en vez de usar javascript de esa manera
Código:
<script languaje="JavaScript">
location.href="index.php?<?php echo session_name()."=".session_id()?>";
</script>
Podes probar enviar una cabecera de la siguiente forma:
<?php
header("Location: index.php?".session_name()."=".session_id());
?>