Acá tenes un pequeño código, pruebalo y nos comentas que tal
Código PHP:
<?php
$fp = fopen('archivo.txt', 'r');
while(!feof($fp)) {
$mail = fgets($fp);
$domain = substr($mail, strpos($mail,'@'));
$fpa = fopen($domain.".txt", 'a');
fwrite($fpa, $mail);
fclose($fpa);
}
fclose($fp);
?>