Vamos de a poco, si ya tienes usuarios para que siga funcionando puede ejecutar la siguiente consulta para que te actualize todas las contraseñas con el correspondiente hash:
Código PHP:
UPDATE USUARIOS SET password=md5(password);
Luego la consulta de insercion seria algo asi:
Código PHP:
$sql = "INSERT INTO USUARIOS VALUES(username, password) VALUES ('$username', '".md5($password)."');";
Por último tenes que usar la siguiente:
Código PHP:
$entradapass=md5($_POST['pass']);