puedes hacerlo de varias maneras, como separar la tabla de mirrors de los links principales o agregar un nuevo campo del tipo de link y luego consultaro o lo mas rapido
while ( $rowmirror = mysql_fetch_assoc($sqlmirror) ){
$server = stripslashes($rowmirror['server']);
$id_roms = $rowmirror['id_roms'];
$ruta = $rowmirror['ruta'];
if($server == 'megaupload' OR $server == 'rapidshare'){
$links[] = '<a href="'.$ruta.'" target="_blank">'.$server.'</a>';
}
else{
$mirrors[] = '<a href="'.$ruta.'" target="_blank">'.$server.'</a>';
}
}