Estas entendiendo mal el uso de la función empty, cuando el campo es null devuelve true en caso contrario false.
El operador ! es el de negación por lo que si vamos a tu código:
Código PHP:
if(!empty($contraseña)){
Ese if se ejecuta si el campo contraseña no esta vacío. Lo que es lo contrario de lo que vos pensas.
Si queres contar, el código anterior para contar lo tendrías que poner dentro del if.