Soy medio vago así que los textos largos me impactan un poco pero la respuesta es simple, tenes que usar el operador
LIKE de SQL en vez de comparar las cadenas con =, seria algo así:
Código PHP:
$departamento = (!empty($_POST["departamento"])
? (!empty($año)
? " AND departamento LIKE '".trim($_POST["departamento"])."'" : " departamento='".trim($_POST["departamento"])."'") : "");
Y para que no sea palabra completa agregamos el operador % quedando finalmente así:
Código PHP:
$departamento = (!empty($_POST["departamento"])
? (!empty($año)
? " AND departamento LIKE '%".trim($_POST["departamento"])."%'" : " departamento='".trim($_POST["departamento"])."'") : "");
Creo que con eso deberías poder arreglar tu consulta.
Por último, no copies y peges código ajeno.
. Leelo, ENTENDELO y haz el tuyo aunque quede igual. Así se aprende mucho más.