Respondiendo tu pregunta, puedes probar en el codebehind
Código:
TextBox txt = (TextBox)this.FindControl("IDENTIFICADOR");
O usar controles textbox de asp.net y en tu javascript hacer referencia de la siguiente manera:
Código:
'<%= IDTEXTBOX.ClientID %>'
En lugar donde va la ID del textbox.
Espero me entiendas y te sea de ayuda
Saludos!