como ago esta consulta

[gnzsoloyo]

El problema es que lo que sea funcionamiento de las consultas en sí es asunto de SQL, no de PHP.
Tal es así que la consulta que puede responder tu duda sería mas o menos:

Código MySQL:

SELECT T2.ficha, T2.diags_clave
FROM jqcalendar  T1 INNER JOIN reporte T2 ON T1.ficha = T2.subject
WHERE (T1.StartTime BETWEEN '2010-12-01' AND '2010-12-06' )
ORDER BY t2.diags_clave;
 

Y si sólo quieres los que sean "A00", sería

Código MySQL:

SELECT T2.ficha, T2.diags_clave
FROM jqcalendar  T1 INNER JOIN reporte T2 ON T1.ficha = T2.subject
WHERE (T1.StartTime BETWEEN '2010-12-01' AND '2010-12-06' ) AND T2.diags_clave='A00';
 

Y si lo que quieres es contarlos sería:

Código MySQL:

SELECT T2.diags_clave, COUNT(*) Total
FROM jqcalendar  T1 INNER JOIN reporte T2 ON T1.ficha = T2.subject
WHERE (T1.StartTime BETWEEN '2010-12-01' AND '2010-12-06' )  AND T2.diags_clave='A00'
GROUP BY T2.diags_clave;
 

Como verás, el problema es estrictamente de MySQL, no de PHP.
En cuanto a usar una sentencia de SQL en PHP, es decir, consultar a la base, te recomiendo leer las FAQ's de PHP, donde encontrarás todos los ejemplos necesarios.