hola.
un libro bastante completo de java es este (son 2 volúmenes)
http://www.casadellibro.com/libro-co.../2900001090904
Las aplicaciones desktop y web tienen problemáticas distintas y usan librerías java distintas. Saber mucho de java en un tipo de aplicaciones puede ayudarte para coger más rápido el otro tipo de aplicaciones, pero como te digo, son mundos distintos.
Se bueno.