Bueno, puede que el título no lo deje claro pero lo que quiero es desde linux programar con eclipse (usando como workspace htdocs) y hacerlo bien, normalmente o doy o quito permisos a uno de los 2, no consigo ninguna forma limpia de hacerlo. No se si esque paso algo por alto o que me complico demasiado pero aquí supongo que habrá mucha gente que haga lo mismo y espero alguna orientación.
También se aceptan alternativas a la hora de programar
Un saludo!