Resuelto:
Código PHP:
echo "<a href='#' onClick=javascript:window.open('edita_qt.php?qt=$registroid','','width=500,height=550,menubar=no,scrollbars=no,toolbar=no,location=yes,directories=yes,resizable=no,top=60,left=100')>$registroid</a>" ?>
El href='#' deja anclada la variable en la página inicial, de otra manera se va el valor al popup.
Gracias nuevamente!!!!