a ver, por partes...
si dices que imprimiendo la consulta y ejecutándola directamente en phpMyAdmin funciona... ¿porque crees que el problema es de PHP?
o sea, usa el sentido común... si es PHP el que te genera la consulta que copias, ¿donde esta el problema?
yo pienso que aquí esta pasando algo mas de humanos que de programas, si PHP te genera una consulta, que al copiarla y ejecutarla funciona... entonces el problema no esta en PHP, pues genera bien la consulta...
ahora dices que lo has hecho miles de veces, y te creo, yo también... ¿seguro que estas mostrando el código correcto?
porque se me hace que andas viendo fantasmas...