De manera general, puedes probar con las sugerencias que plantean aquí:
http://www.vbulletin.com/forum/showt...ce-Server-Load
Y sobre MySQL, opino que hay valores que puedes optimizar, sobre todo teniendo en cuenta la enorme cantidad de RAM que tienes en el servidor.
En términos generales podría sugerir:
[mysqld]
query_cache_size= 32MB por cada 1GB de RAM
key_buffer= 128MB por cada 1GB de RAM
sort_buffer_size= 1MB por cada 1GB de RAM
read_buffer_size= 1MB por cada 1GB de RAM
read_rnd_buffer_size= 1MB por cada 1GB de RAM
thread_concurrency= Número de CPUs x 2
Pero prueba instalar
mysqltuner.pl y
tuning-primer.sh, lo dejas corriendo al menos por un par de días y luego lo ejecutas para que te haga las sugerencias de optimización del caso.