Cita: igualmente todos los procedimientos los creaba y probaba desde el propio phpmyadmin... asiq problema de php no es..
SI fallaban las pruebas, el problema podía ser el PHP porque el phpMyAdmin usa PHP para ejecutar las sentencias, y por tanto es probable un error de PHP.
Respecto a cargar los SP via Java, es posible que si falla la carga, se deba a que estás enviando también los DELIMITER en la ejecución.
Cuando se usa usa un método programado lo único que se envía es el CREATE PROCEDURE entero, desde el CREATE al END, en una sola ejecución. No se envian los DELIMITER porque el método que MySQL usa para tomar ese SP es diferente al de PHP y distinto del uso de la consola de MySQL.
Esa sería la idea, y al menos es la que se usa en .Net para el mismo caso.
Prueba enviarlos con Java, pero sin enviar el DELIMITER.