Cita: Hice algo con el mysqld: lower_case_table_names = 1
Eso no tiene nada que ver con el contenido de la tabla. Se usa para establecer si los nombres
de las tablas se pondrán en minúsculas o no. En un sistema basado en Windows, es indistinto, pero en los sistemas basados en UNIX (Linux, por ejemplo), no es lo mismo ponerle a una tabla "USUARIOS" que "usuarios". El sistema operativo en sí es el que puede diferenciar eso.
En tu caso el problema se resuelve por el tipo de collation de la tabla y/o CHARSET. Debes usar un tipo de charset definido como "bin", como por ejemplo
utf8_bin,
latin1_bin, etc. Estos charsets son capaces de diferenciar entre mayúsculas y minúsculas, ya que diferencian los caracteres por su código binario y no por su correspondencia alfabética, y en binario "A" <> "a".