Problemas con not in

[gnzsoloyo]

Técnicamente, la consulta en cuestión no tiene ningún error de sintaxis:

Código MySQL:

SELECT 
    desc_Camp, 
    ced_per, 
    hora_mxt, 
    hminutos_mxt, 
    ampm_mxt, 
    nom_per, 
    apell_per, 
    desc_dirppal, 
    nrodp_dir, 
    dirs_dir, 
    nro_dir, 
    IF(piso_dir =  'NA', '', piso_dir ) Piso, 
    IF(npiso_dir = 0, '', npiso_dir ) NPISO, 
    IF(torre_dir = 'NA', '', torre_dir ) TORRE, 
    IF(ntorre_dir = 'NA', '', ntorre_dir ) NTORRE, 
    desc_conj, 
    desc_bar, 
    cel_per, 
    tel_per, 
    desc_ciud, 
    cod_subz, 
    desde_mxt, 
    hasta_mxt, 
    malla_mxt
FROM persona
    LEFT JOIN mallaxcoord ON ( ced_per = mxc_tel ) 
    LEFT JOIN mallaxtele ON ( mxc_tel = teleo_mxt ) 
    LEFT JOIN dirxper ON ( teleo_mxt = per_dir ) 
    LEFT JOIN dir_ppal ON ( dirp_dir = cod_dirppal ) 
    LEFT JOIN conjunto ON ( conj_dir = cod_conj ) 
    LEFT JOIN conjxsubz ON ( conjunto_cxs = cod_conj ) 
    LEFT JOIN barrio ON ( bar_dir = cod_barr ) 
    LEFT JOIN barxsubz ON ( barrio_bxs = cod_barr ) 
    LEFT JOIN subzonas ON ( subzona_bxs = cod_subz ) 
    LEFT JOIN ciudad ON ( ciud_bar = cod_ciud ) 
    LEFT JOIN topxcoord ON ( teleo_mxt = tele_txc ) 
    LEFT JOIN campana ON ( cam_txc = cod_camp ) 
    LEFT JOIN ruta ON ( r_nro = zon_subz ) 
WHERE 
    activacion =  '1' AND 
    cod_subz =  '3' AND 
    mallaxtele.teleo_mxt NOT IN (SELECT kt_pasajero FROM kdxtransporte WHERE kt_nplanilla =  '2')
ORDER BY malla_mxt;
 

La revisé con algunas aplicaciones que parsean la sintaxis y no hay errores en su construcción. SI hay algún error, no está en este ejemplo.
Por lo demás, dices que

El Phpmyadmin sigue funcionando y en la web no funciona.

por lo que se infiere que este ejemplo no está tomado de la ejecución de una consulta construida dinámicamente por tu aplicación, sino que la has creado a mano y probado en phpMyAdmin. Si es así, estamos revisando en falso. No es allí donde está el error, sino en el momento que la aplicación crea la sentencia. Ese es el ejemplo que debes capturar y revisar, porque es allí donde el error se está manifestando. Ergo, hay un error de sintaxis, pero se está generando en la aplicación.

Revisa el script.