Mas tablas es mejor?

[NUCKLEAR]

Hola compañeros, les comento:
Normalmente las relaciones entre tablas(one-to-one, many-to-many) las manejo relacionandolas con un campo _id dentro de la otra tabla - vamos como se hace tradicionalmente -

table:
Alumnos : id, nombre, apellido, cursos_id

table:
cursos : id, nombrecurso

Pero estuve leyendo un poco y veo que hay una controversia en jacer uso de este sistema, muchos recomiendan hacer la relación con una tercera tabla

alumnos_cursos
id, cursos, alumnos

Mi pregunta es como lo hacen ustedes, he inbagado pero siempre encuentro puntos medios. El ejemplo que puse es algo mínimo normalmente trabajo con mas tablas relacionadas.

Saludos,