Saludos, desde el AsliteAdministrator te permite importar los datos, el archivo debe estar en csv, no recuerdo que otros formatos soporta.
La otra es como dice el compañero snahor_ que generes un scrypt en algun lenguaje de programacion que manejes y que el scrypt te cree un archivo con todas las consultas o bien que realize la insercion d ela informacion.
http://sqliteadmin.sourceforge.net/
Suerte.