hay 3 tipos de DOCTYPE
HTML 4.01 Strict ,
HTML 4.01 Transitional
(el mas usado)
HTML 4.01 Frameset
(este ya no se usa)
tendrias q validar tus archivos en la w3c y ahi te van a saltar los errores... siempre que empieces a maquetar hacelo en firefox y ya incluyendo el doctype, para que no te pase como ahora que decis q se te rompio todo el esquema que armaste... de todas formas no debe ser algo tan grave... fijate si cerraste bien las etiquetas y demas.... pero como te dije al principio anda a la siguiente pagina:
http://validator.w3.org/ subi tu archivo y ahi te va a salir que errores tenes que corregir...
saludos!