Error

[gnzsoloyo]

Es posible que la consulta no sea óptima para los algoritmos de MySQL, o bien que el servidor no esté suficientemente optimizado.
Una forma de saberlo es mandarla a ejecutar con el Workbench y luego abrir otra conexión y revisar las conexiones la server. La lista de conexiones mostrará qué es lo que está haciendo MySQL realmente.
También puedes usar

Código MySQL:

EXPLAIN consulta
 

, donde consulta es la consulta que deseas ejecutar. Este comando te devolverá una tabla de análisis de lo que MySQL hace y puede permitirte encontrar los cuellos de botella de la consulta.
Para comprender el significado del reporte generado por EXPLAIN es mejor recurrir al manual: 7.2.1. Sintaxis de EXPLAIN (Obtener información acerca de un SELECT)