Cita: A ver, si la columna autonumérica o autoincremental es Primary Key (PK), y a su vez otras tablas tienen integridad referencial a través de una Foreign Key(FK) con la tabla a la que se quiere cambiar la numeración, el motor no lo hará nunca porque en algún punto se estaría violando la integridad referencial, ya que al haber menos registros en la tabla padre, quedarán necesariamente registros huérfanos en las tablas hijas.
La verdad es que no conozco muy a fondo el MySQL ya que yo trabajo diariamente con un motor Informix, en donde esto que explico sucedería.
Estás llegando tarde al tema (el post ya tiene años), y además no estás considerando dos cosas:
1) MySQL no maneja un sólo motor de tablas, sino varios, y sólo uno (InnoDB) posee restricciones de FK. El resto hay que manejarlo por programación... con lo que el problema existe.
2) En el motor InnoDB, si has puesto la cláusula ON UPDATE CASCADE, puedes perfectamente cambiar una PK y jamás te producirá problemas... hasta que las consultas resulten inconsistentes.