Pues te explico brevemente, esta bien que hagas las validaciones en el cliente con javascript, pero tambien debes de hacer validaciones en el servidor es decir en PHP ya que ahorita el javascript se desactiva con pocos clicks, ahora vamos a tu consulta, sencillamente antes de hacer el insert a la base de datos haces una consulta preguntando por ese usuario si existe, haces al iguaql que cuando lo registras regresas a la pagina y le pasas un session que indique que el usuario ya existe, sino existe sencillamente lo inserta como lo vienes haciendo, de poder hacer algo siempre digo que se puede el echo es investigar,probar e intentar hacerlo, saludos
