necesitas un temporizador (setInterval) para invocar a la función cada x segundos. una vez que tienes el temporizador, en la función tienes dos opciones: crear una matriz con los dos colores, usar style.fontColor, etc...., demasiado lio o ocultar y mostrar dos divs
Cita: <div id="verde">
Hola mundo
</div>
<div id="azul">
Hola mundo
</div>
un poco de css para crear los selectores aprovechando las id y la propiedad color