Ayuda con el codigo en C

[margarito04]

por que dices que andaria siempre en la primera iteración?
vamos a ver un ejemplo

primera interacción
cont=0
principal[cont]=5
no entraría a compara si existen repetidos ya que cont=0 y contaux=0, pero aumenta en 1 ya estos valores son iguales

segunda interación
cont=1
principal[cont]=6
si observas en el segundo ciclo solo va a comparar con el primer elemento cuando, termina este ciclo conaux es igual=1
por lo que incrementaria en 1 cont

tercera iteracion
cont=2
principal[2]=6
por lo que encuentra un valor igual en la posicion 1 de principal, y sale del ciclo,
conaux es igual a 1, por lo que no incrementa en 1 cont

cuarta iteracion
cont=2.
...
...