Ya está bien como lo haces, pero tienes que meter el div dentro del código php y vigila el tema comillas:
Código PHP:
<?php
if (isset($_SESSION['MM_Username'])) {
echo '<div id=top2> <a href=cerrar.php title=Cerrar id=cerrar><span class=alt>Cerrar Sesion</span></a>';
echo '<a href=datos.php title=Datos id=datos><span class=alt>Tus Datos</span></a>';
}else{
echo '<div id=top> <a href=login.php title=Login id=login><span class=alt>Login</span></a>';
echo '<a href=registro.php title=Registro id=registro><span class=alt>Registro</span></a>';
}
?>
<a id="nosotros" href="nosotros.php" title="Nosotros"><span class="alt">Nosotros</span></a>
<a id="home" href="index.php" title="Inicio"><span class="alt">Inicio</span></a></div>
saludos,