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Ese mensaje aparece sólo cuando reproducis los archivos abriendolos directamente desde el Explorador de Windows, la opción para que el mensaje no se reproduzca, como bien decis, la tenes que configurar en las opciones de Internet Explorer, de todas maneras para tu tranquilidad, mientras los clientes vean la página desde la Web, usando el protocolo http, no van a ver ninguna advertencia.
si necesitas hacer modificaciones a tus archivos e ir revisando los cambios y no querés que te aparezcan ese y otros mensajes, además de modificar las opciones de Internet Explorer, podés instalar un servidor de pruebas (paquete Xampp, por ejemplo) en tu PC
Saludos
