Hola Cesarcaes,
Como IDE de desarrollo en J2EE puedes usar el NetBeans que es un buen IDE con Glassfish como server aplication o Tomcat como container web, MySQL como motor de b.d. (todos open source) , si tienes para licencia puesdes usar un JDeveloper como IDE, OAS como server aplication y Oracle 10g como motor b.d.
En la actualidad existe varias herramientas que te permiten desarrollar en jav.
Cualquier cosa estoy en
[email protected]
Saludos
Maverick