Un ejemplo sencillo de lo que quieres hacer
Código PHP:
$numeroLinea = 3;
$numeroLineaReal = $numeroLinea-1;
$lineas = file("archivo.txt");
$lineas[$numeroLineaReal] = $lineas[$numeroLineaReal]+1;
$fp = fopen("archivo.txt", "w");
for($contador=0; $contador<=$numeroLinea; $contador++)
{
fwrite($fp, $lineas[$contador]);
}
fclose($fp);